Після закриття Зазимського храму у 1935 р. проти отця Михаїла було сфабриковано справу.  Він був звинувачений в антирадянській діяльності, в розповсюдженні неправдивих слухів «провокаційного характеру, про війну Німеччини  с  СРСР», а також агітування «проти підписки на позику оборони країни» 19 листопада 1937 р. його заарештувало Броварське НКВС, рішенням трійки 20 листопада був присуджений до розстрілу, а 27 листопада вирок було виконано.

В день загибелі отця Михаїла 27 листопада священик Зизимського храму отець Анатолій Слинько з парафіянами молилися під час панахиди на місці його захоронення в Биківнянському лісі - національному заповіднику "Биківнянські могили". В своєму слові отець Анатолій коротко розповів про отця Михаїла, підкресливши, що його подвиг свідчить про знання тієї Правди, від якої відректися не можливо. Ця правда - віра в Бога - була  реальністю в житті отця Михаїла. В нього була можливість відректися священного сану, віри в Бога і жити собі "як усі нормальні", але це було б лукавством і неправдою. Отець Анатолій зачитав два останні документи в житті отця Михаїла: постанову про розсріл і виписку із акту про виконання вироку. На даний час отець Михаїл Подєльський числиться в списках до канонізації як новомученик.

Нагадаємо, що згідно рішення Священного Синоду Української Православної Церкви в останню суботу листопада, коли на загальнодержавному рівні відзначається День пам’яті жертв голодоморів, Церква поминає в молитвах жертв голодомору і політичних репресій. Цього року відзначення дня пам'яті жертв голодоморів припало на 27 листопада.